Medical Informatics

Medicínská Informatika výzkumného centra NTIS & Katedry informatiky a výpočetní techniky na Fakultě aplikovaných věd Západočeské univerzity v Plzni byla oficiálně založena v roce 2015 sloučením několika menších, více či méně nezávislých výzkumných skupin, které prováděly svůj výzkum v biomedicíně a příbuzných oblastech na Katedře informatiky a výpočetní techniky, konkrétně: Neuroinformatics Research Group, Medical Information Systems Research Group, Biomedical Data Processing and Visualization team of the Centre of Computer Graphics and Visualization, a Biomedical Data Processing team of the Computer Vision Group.

Oddělení medicínské informatiky se zaměřuje na vývoj pokročilých počítačových modelů, inženýrských metod a informačních technologií za účelem zvýšení rychlosti, efektivnosti a spolehlivosti bioinženýrské činnosti v medicíně a v dalších biotechnologických oborech. Výzkum zahrnuje jednak analýzu vstupních dat a příslušných metadat, jejich sémantický popis a jeho standardizaci, dále pak dlouhodobé uchovávání těchto dat, jejich sdílení a efektivní vyhledávání na sémantické úrovni, a to s ohledem na jejich nutnou ochranu. Na této datové bázi jsou vytvářeny simulační modely pro in-silico zkoumání chování biologického systému v závislosti na daných podmínkách. Součástí je i vizuální reprezentace dat, metadat a simulačních výsledků pro odborníky, ale i širší veřejnost. Výzkumné aktivity jsou řešeny v rámci nejrůznějších národních (např. MZ IGA – NT 13326, GAČR 407/12/1525, GAČR 406/09/0150, CZ.1.05/3.1.00/14.0298) a evropských projektech (např. VPHOP – FP7-ICT-223865).

Laboratoř oddělení je vybavena profesionálním zařízením pro snímání EEG/ERP, EKG, EMG a dalších biosignálů a jejich analýzu. Disponuje také akusticky a elektricky stíněnou komorou a simulátorem auta. Výzkumné centrum NTIS poskytuje skupině výkonné výpočetní a datové centrum pro provádění in-silico simulací. Konkrétně se jedná o zálohované datové úložiště s kapacitou více než 10 TB, dva GPU výpočetní uzly osazené 8x Nvidia Tesla K20, dva Xeon E5 CPU s 256 GB RAM and rovněž o symetrický multiprocesor s 256 CPU a 4 TB RAM.

Oddělení medicínské informatiky má bohaté zkušenosti zejména s následujícím:

měření EEG/ERP signálů jak v laboratorních, tak reálných podmínkách
filtrování a analýza 1D signálů (převážně pak EEG/ERP, hlasový záznam, a časový vývoj hladiny glukózy měřený v různých tkáních)
filtrování a segmentace medicínských obrázků
anotace medicínských dat na základě již existujících nebo nově navržených ontologií
ukládání dat spolu s přidruženými metadaty (např. zdravotní dokumentace, výše zmíněná anotace) do populační databáze (v současnosti máme více než 700 pacientů)
extrakce geometrické informace (např. tvaru) objektů (např. orgánů) z medicínských snímků a jejich 3D modelování
3D vizualizace medicínských dat a modelů
kosterně svalové modelování

O nás